Для бегунов манеж в Крылатском предлагает сразу две дорожки. Внизу, внутри кольца самого велотрека — четырёхполосная беговая полиуретановая дорожка длиной 200 м (стандартная длина дорожки в любом легкоатлетическом манеже). По её периметру — разминочная полоса длиной 228 м. За виражами нижней дорожки, с южной стороны велотрека — разминочная площадка с тренажёрами.
Правила бега в манеже похожи на правила этикета в бассейне. Разминаться и бегать в спокойном темпе — на зеленой полосе, прилегающей к полотну дорожки. Две внутренние дорожки из четырех — рабочие, для быстрого бега (менее четырёх минут на километр).
Вторая дорожка расположена над кольцом велотрека и с первого взгляда не заметна. Её длина — 400 м, дорожка проходит по периметру самого здания и идеально подходит для длительных пробежек в зимний период — например, если вам надо просто «набегать» километры при подготовке к предстоящему марафону.
Среди профессиональных легкоатлетов Москвы, области и ближайших регионов Велотрек в Крылатском считается едва ли не меккой бега. Здесь, например, регулярно проводятся соревнования вроде ультрамарафона «Ночь Москвы», в рамках которого практически одновременно проводится шестичасовой забег и забег на 100 км.